Náttúruhamfarir
Þegar náttúruhamfarir verða hafa almannavarnir samband við yfirdýralækni. Hann tilkynnir síðan um málið til starfsfólks MAST, símleiðis og/eða með tölvupósti eftir atvikum. Það starfsfólk sem hefur hlutverki að gegna í viðbrögðum við náttúruhamförum vinna eftir vinnulýsingu VLY-046, gátlistum og leiðbeiningum sem henni eru tengd.
Hlutverk yfirdýralæknis er að taka ákvarðanir um aðgerðir, í samvinnu við héraðsdýralækna og sérfræðinga stofnunarinnar. Hann svarar fyrirspurnum fjölmiðla um aðgerðir stofnunarinnar og áhrif náttúruhamfaranna á dýr. Hann tekur einnig þátt í íbúafundum og fjölmiðlafundum eftir þörfum.
Forstjóri er tengiliður stofnunarinnar við stjórnvöld. Sé útlit fyrir umfram útgjöld vegna hamfaranna, leggur hann beiðni um fjármögnun fyrir atvinnuvega- og nýsköpunarráðuneytið, ásamt kostnaðaráætlun og skýringum.
Ef þörf þykir taka héraðsdýralæknar sæti í aðgerðastjórn, sem stýrt er af lögreglustjóra í viðkomandi lögregluumdæmi skv. 11. grein laga um almannavarnir nr. 82/2008. Meginhlutverk héraðsdýralækna er að tryggja að eftirlit sé haft með ástandi dýra og að þau fái þá aðstoð sem þörf er á eða þeim komið til bjargar. Í því skyni hafa þeir samband við sjálfstætt starfandi dýralækna, sláturhús, Ráðgjafarmiðstöð landbúnaðarins, búnaðarsambönd, sveitarfélög og félög búfjáreigenda og annarra dýra, um aðgerðir, s.s. neyðaraðstoð, umönnun og björgun dýra, smölun afrétta, flutning dýra af hættusvæðum, slátrun eða aflífun, förgun hræja, afurðanýtingu o.fl. Héraðsdýralæknar taka jafnframt þátt í rannsóknum sem skipulagðar eru af sérfræðingum Matvælastofnunar.
Eftirlitsdýralæknar og dýraeftirlitsmenn eru héraðsdýralæknum til aðstoðar.
Hlutverk sérgreinadýralækna og fagsviðsstjóra er m.a. að tryggja að viðeigandi leiðbeiningar séu aðgengilegar fyrir dýraeigendur og eru héraðsdýralæknum til ráðgjafar og aðstoðar varðandi aðgerðir sem tengjast þeirra sviði. Þeir meta jafnframt þörf fyrir sýnatökur og rannsóknir í samvinnu við aðra sérfræðinga innan stofnunarinnar og á öðrum stofnunum eftir aðstæðum og þörfum.
Sóttvarnadýralæknir gegnir hlutverki sem tengiliður milli almannavarna og Matvælastofnunar, og tekur sæti í samhæfingarstöð, hafi hún verið virkjuð og ef ástæða er til. Sóttvarnadýralæknir samræmir leiðbeiningar sem skrifaðar eru af sérgreinadýralæknum og fagsviðsstjórum og kemur þeim á framfæri, í samvinnu við fræðslustjóra stofnunarinnar, til þeirra sem þær eiga erindi við. Hann sér jafnframt um samræmingu á sýnatökum og rannsóknum, sem sérgreinadýralæknar og fagsviðsstjórar leggja til.